Last Order začíná, když nanotechnologie Desty Nova vzkřísí Alitu v plovoucím městě Tiphares. Černá tajemství města jsou brutálně odhalena, ale zdá se, že jde o malou část světa, který je komplikovaný. Když se Alita vydává do vesmíru se starými a novými společnostmi, aby se dozvěděla více o své zapomenuté minulosti a stejně tak hledala svého ztraceného kamaráda Lou Collins, Alita je uvězněna v meziplanetárním boji mezi hlavními mocnostmi sluneční soustavy, která byla kolonizována. Na cestě vytvoří alianci se třemi replikami Alita, které si nyní začaly věřit samy za sebe, nechutným superhackerem a samotnou Novou, když se zúčastní turnaje Zenith of Things (ZOTT), bojové soutěže konané každých 10 let. Včetně způsobu, jakým se Země objevila z kataklyzmické nárazové zimy, která po celou dobu vyprávění vyhladila většinu veřejnosti, je uvedena další historie týkající se nastavení bitevního anděla Ality, která nebyla zveřejněna v dřívějším řetězci.
