Série se koná čtyři roky po událostech Magical Girl Lyrical Nanoha StrikerS, během nichž magická dívka Nanoha Takamachi zachránila a adoptovala mladou dívku jménem Vivio, která je reinkarnací Sankt Kaiser, Olivie Segbrechta. Po vstupu do čtvrtého ročníku základní školy dostane Vivio své vlastní zpravodajské zařízení, Sacred Heart, a získává sílu transformovat pomocí svého dospělého režimu Sankt Kaiser. Brzy narazí na dívku jménem Einhart Stratos, která je, podobně jako Vivio, potomkem dalšího vládce Sankt Kaiser, Claus GS Ingvalt. Jak se Einhart stane odhodlanou prokázat, že její bojový styl je nejsilnější, Vivio se s ní spřátelí a spolu se svými přáteli se účastní turnaje bojových umění, kde bojují proti různým magickým protivníkům a dozví se více o svých minulých životech.
