V roce 2032 Země trpí náhlou invazí mimozemských sil. Po této události uplynulo devatenáct let a po chaosu, který vládne planetě, je jediným způsobem, jak zachránit svět před úplným zničením, přežít a bojovat proti těm, kteří nutí Zemi k úplnému zničení.
Black Rock Shooter (ve hře „živá zbraň“ označená názvem BRS), je pověřena ochranou lidstva a má schopnosti bojovat proti útočníkům jako konečná zbraň. Vynoří se z ruin San Francisca a je svědkem hromadění přeživších vojáků, které se během její mise stávají její podporou.
